После подписания президентом РФ указа об отставке Владислава Суркова, Владимир Путин назначил временно исполняющим его обязанности Приходько Сергея. Он будет временно исполнять обязанности (врио) руководителя аппарата правительства Российской Федерации. Так как ранее сообщалось, что после ухода Владислава Суркова его обязанности будет поделены между тремя сотрудниками, то в правительств Дмитрий Медведев поделил его обязанности между Сергеем Приходько и Александром Левицким, а инновационные сферы деятельности будет временно курировать Аркадий Дворкович.
Имя Владимира Приходько часто упоминалось в СМИ по поводу его предложения уволить губернатора Дмитрия Зеленина, как он выразился "за слабоумие". Такое жесткое предложений было выдвинуто в ответ на то, что Зеленин выложил в интернет фото тарелки с "червяком", которого он якобы обнаружил на обеде в Кремле по поводу приема в честь президента Германии.
В аппарат правительства РФ Сергей Приходько попал в июне 2012 года, когда было объявлено о том, что обязанноси главы аппарата правителства и вице-премьера Владислава Суркова распределяются между его 10-ю заместителями. Сергей Приходько получил под свою ответственность внешнеэкономическую деятельность правительства РФ, в том числе за регулирование таможенных тарифов, вопрос вступления и участия Россия в ВТО, экономическое взаимодействие со странами СНГ.